二氧化碳培养箱能够对温度、二氧化碳浓度和湿度提供稳定的控制，以便于其研究工作的进展；二是要求二氧化碳培养箱能够对培养箱内的微生物污染进行有效的防范，并能够定期消除污染，以保护研究成果，防止样品损失。
二氧化碳培养箱应由专人负责使用，操作盘上的任何开关和调节旋扭一旦固定后，不要随意扭动，以免影响箱内温度，二氧化碳浓度，湿度的波动，同时降低机器的灵敏度。箱子的放置要水平，避免阳光直射和灰尘等，要保证仪器周围的气流循环，后部及侧面应留出5cm的空隙。加装稳压电源保证电源电压波动不超过220V±10%。所加入的水必须是蒸馏水或无离子水，防止矿物质储积在水箱内产生腐蚀作用，经常检查箱内水是否足够，水位应加至“水位指示灯”灭灯时为止。使用前箱内应用消毒酒精或碘溶液擦洗，防止其他微生物污染，导致实验失败。在房间安装空调，使环境温度保持在25~C左右。所使用的二氧化碳必须是纯净的，否则降低二氧化碳传感器的灵敏度和污染二氧化碳过滤装置。
二氧化碳培养箱箱内气压由二氧化碳气体传感器控制。二氧化碳传感器正常反馈要求进气压为MedicalEquipmentVo1.22，No.40.06MPa。当箱内气压降低时，二氧化碳传感器在低压刺激下有节奏地开闭，向箱内慢慢充气，当进气压达0.1MPa时，自动停止调节。如充气方法不当，使进气压力增大，当超过0.1MPa甚至0.2MPa压力，会损伤二氧化碳传感器。开始这种损伤效应不明显，不易察觉，反复错误操作，二氧化碳传感器损伤累积终致命损坏，使气压调节失灵。因此，二氧化碳传感器寿命与二氧化碳进气压大小有关，只要做好进气压调节，就能保护二氧化碳传感器性能。二氧化碳传感器价格昂贵，更换不易，所以一定要做好进气压调节，延长二氧化碳传感器使用寿命。
箱内湿度对于培养工作来说是一项非常重要然而又经常被忽略的因素。因为饱和湿度环境可以避免培养液中二氧化碳逃逸，培养液中pH值稳定，有利于细胞生长，足够的湿度水平并且要有足够快的湿度恢复速度(如在开关门后)才能保证不会由于过度干燥而导致培养失败。所以二氧化碳培养箱使用过程中，在箱内托盘中放一定量的灭菌水(3/2至全盘)，使箱内成为饱和湿度环境。如使用者忘记补加水，使培养细胞处于低湿度甚至干热环境中，培养液二氧化碳气体易挥发，液体pH值升高，影响细胞生长，在工作中要力求避免此问题发生。样本多时，箱内分区存放，培养物用筐或瓷盘存放，这样存取快速，缩短开门时间，减少箱内气体和湿度变化，节省气体，稳定了细胞生长环境。
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